Il CCI è stato sviluppato per la prima volta nel 1987 dalla dott.ssa Mary E. Charlson allo scopo di classificare le comorbidità che potrebbero alterare il rischio di mortalità.

Nella forma classica sono considerate 19 condizioni mediche (16 malattie di cui 3 sono stratificate secondo la gravità) a cui viene attribuito un peso variabile da 1 a 6 con un punteggio finale da 0 a 33. Il punteggio attribuito è correlato alla gravità della condizione, in particolare alla probabilità di morte entro un anno: la somma dei punteggi delle singole comorbidità permette di valutare l'impatto delle stesse sulla gravità della malattia. In seguito il CCI è stato aggiustato considerando anche l'età tra i fattori di rischio ottenendo così un indice combinato età-comorbidità da 0 a 37.

Per ogni condizione il calcolatore offre la possibilità di scegliere tra due risposte, SI o NO, e al termine si ottiene automaticamente un punteggio finale che determina l'indice di comorbidità, cioè una misura dell'impatto che le comorbidità possono avere sulla salute del paziente. Inoltre è possibile ottenere una stima della probabilità di sopravvivenza a 10 anni ricavata a partire dal CCI.